Bioinformática II

Profesorado colaborador

• Tomas Montserrat Ayuso

Objetivos

Esta asignatura pretende dar un paso más en el uso de las principales herramientas bioinformáticas y tratar temas como la alineación de secuencias, la evolución y la filogenia, y los estudios de asociación del genoma completo. Además, los estudiantes deben resolver problemas biológicos a través del uso de herramientas bioinformáticas y de programación.

Resultados de aprendizaje

1. Aplica los conocimientos de la bioinformática a problemas y ejercicios relacionados con la evolución y la filogenia.
2. Predice genes y regiones promotoras con la ayuda de herramientas bioinformáticas.
3. Utiliza las herramientas bioinformáticas avanzadas para resolver problemas correctamente.
4. Se desenvuelve en el uso general de las TIC y, en especial, en los entornos tecnológicos propios del ámbito profesional.
5. Comprende íntegramente mensajes orales y escritos de diferente tipología expresados en las lenguas propias y en inglés.
6. Elabora informes y documentos escritos (principalmente de carácter técnico) con corrección ortográfica y gramatical en catalán, español e inglés.

Competencias

Generales

• Combinar el conocimiento científico con las habilidades técnicas y los recursos tecnológicos para resolver las dificultades de la práctica profesional.

Específicas

• Aplicar las herramientas de las matemáticas, la estadística, la informática y los principios de la física y la química en el contexto de la biotecnología.
• Buscar, obtener e interpretar la información de las principales bases de datos biológicos y bibliográficas utilizando herramientas bioinformáticas y aplicar técnicas de programación en la solución de problemas.

Básicas

• Que los estudiantes hayan desarrollado aquellas habilidades de aprendizaje necesarias para emprender estudios posteriores con un alto grado de autonomía.
• Que los estudiantes sepan aplicar sus conocimientos a su trabajo o vocación de una forma profesional y posean las competencias que suelen demostrarse por medio de la elaboración y defensa de argumentos y la resolución de problemas dentro de su área de estudio.

Transversales

• Actuar con espíritu y reflexión críticos ante el conocimiento en todas sus dimensiones, mostrando inquietud intelectual, cultural y científica y compromiso hacia el rigor y la calidad en la exigencia profesional.
• Mostrar habilidades para el ejercicio profesional en entornos multidisciplinares y complejos, en coordinación con equipos de trabajo en red, ya sea en entornos presenciales o virtuales, mediante el uso informático e informacional de las TIC.
• Usar distintas formas de comunicación, tanto orales como escritas o audiovisuales, en la lengua propia y en lenguas extranjeras, con un alto grado de corrección en el uso, la forma y el contenido.

Contenidos

1. Alineamientos de secuencias. Bases del alineamiento de secuencias. Alineamientos de secuencias por pares. Alineamientos múltiples de secuencias
2. Evolución y filogenia
3. Análisis de secuencias y datos mediante programación
4. Estudios de asociación del genoma completo

Evaluación

• Examen parcial 1: 25 % de la nota global. Recuperable. RA1, RA3
• Examen parcial 2: 25 % de la nota global. Recuperable. RA2, RA6
• Examen parcial 3: 25 % de la nota global. Recuperable. RA2, RA6
• Ejercicios y prácticas durante el curso: 25 % de la nota global. Estas actividades no se pueden recuperar. RA1, RA2, RA3, RA4, RA8

Para aprobar la asignatura es preciso obtener una puntuación mínima de 5 de cada examen parcial y una nota global de 5. Los exámenes parciales pueden recuperarse.

La nota obtenida en la recuperación sustituye a la nota obtenida en la primera evaluación de los exámenes parciales.

Todas las sesiones son obligatorias. Si un estudiante no asiste a una sesión sin motivo justificado, se penaliza con 0,5 puntos de la puntuación final por cada sesión a la que no ha asistido.

La copia total o parcial y el plagio implican suspender la asignatura con una nota final de 0 y sin acceso a la recuperación.

Metodología

La docencia combina sesiones teóricas y sesiones prácticas. Es indispensable disponer de un ordenador portátil para seguir las clases.

Bibliografía

Básica

• Baxevanis, A. D., Francis, B.F. (2005). Bioinformatics: A practical guide to the analysis of genes and proteins (3 ed.). Wiley.
• Model, M. L., Tisdall, J. (2010). Bioinformatics programming using Python: Practical programming for biological data. O'Reilly.
• Mount, D. W. (2001). Bioinformatics: Sequence and genome analysis. Cold Spring Harbour.
• Stevens, T. J. (MRC Laboratory of Molecular Biology), Boucher, W. (University of Cambridge) (2014). Python programming for biology, bioinformatics, and beyond. Cambridge University Press.