Bioinformàtica II

Professorat col·laborador

• Tomas Montserrat Ayuso

Objectius

Aquesta assignatura pretén fer un pas més en l'ús de les principals eines bioinformàtiques, i tractar temes com l'alineació de seqüències, l'evolució i la filogènia, i els estudis d'associació del genoma complet. A més a més, els estudiants han de resoldre problemes biològics a través de l'ús d'eines bioinformàtiques i de programació.

Resultats d'aprenentatge

1. Aplica els coneixements de la bioinformàtica a problemes i exercicis relacionats amb l'evolució i la filogènia.
2. Prediu gens i regions promotores amb l'ajut d'eines bioinformàtiques.
3. Utilitza les eines bioinformàtiques avançades per resoldre problemes correctament.
4. Es mou amb desimboltura en l'ús general de les TIC i especialment en els entorns tecnològics propis de l'àmbit professional.
5. Comprèn missatges orals i escrits de diferent tipologia de forma completa expressats en les llengües pròpies i en anglès.
6. Elabora informes i documents escrits (principalment de caràcter tècnic) amb correcció ortogràfica i gramatical en català, castellà i anglès.

Competències

Generals

• Combinar el coneixement científic amb les habilitats tècniques i els recursos tecnològics per resoldre les dificultats de la pràctica professional.

Específiques

• Aplicar les eines de les matemàtiques, l'estadística, la informàtica i els principis de la física i la química en el context de la biotecnologia.
• Buscar, obtenir i interpretar la informació de les principals bases de dades biològiques i bibliogràfiques utilitzant eines bioinformàtiques i aplicar tècniques de programació en la solució de problemes.

Bàsiques

• Desenvolupar les habilitats d'aprenentatge necessàries per emprendre estudis posteriors amb un grau alt d'autonomia.
• Saber aplicar els coneixements a la feina i en la vocació d'una manera professional i posseir les competències que se solen demostrar mitjançant l'elaboració i defensa d'arguments i la resolució de problemes en l'àrea d'estudi pròpia.

Transversals

• Actuar amb esperit i reflexió crítics davant el coneixement en totes les seves dimensions. Mostrar inquietud intel·lectual, cultural i científica i compromís cap al rigor i la qualitat en l'exigència professional.
• Emprar diferents formes de comunicació, tant orals com escrites o audiovisuals, en la llengua pròpia i en llengües estrangeres, amb un alt grau de correcció en l'ús, la forma i el contingut.
• Mostrar habilitats per a l'exercici professional en entorns multidisciplinaris i complexos, en coordinació amb equips de treball en xarxa, ja sigui en entorns presencials o virtuals, mitjançant l'ús informàtic i informacional de les TIC.

Continguts

1. Alineaments de seqüències. Bases de l'alineament de seqüències. Alineaments de seqüències per parells. Alineaments múltiples de seqüències
2. Evolució i filogènia
3. Anàlisi de seqüències i dades mitjançant programació
4. Estudis d'associació del genoma complet

Avaluació

• Examen parcial 1: 25 % de la nota global. Recuperable. RA1, RA3
• Examen parcial 2: 25 % de la nota global. Recuperable. RA2, RA6
• Examen parcial 3: 25 % de la nota global. Recuperable. RA2, RA6
• Exercicis i pràctiques durant el curs: 25 % de la nota global. Aquestes activitats no es poden recuperar. RA1, RA2, RA3, RA4, RA8

Per aprovar l'assignatura cal obtenir una puntuació mínima de 5 de cada examen parcial i una nota global de 5. Els exàmens parcials es poden recuperar.

La nota obtinguda en la recuperació substitueix la nota obtinguda en la primera avaluació dels exàmens parcials.

Totes les sessions són obligatòries. Si un estudiant no assisteix a una sessió sense motiu justificat, es penalitza amb 0,5 punts de la puntuació final per cada sessió a què no s'ha assistit.

La còpia total o parcial i el plagi impliquen suspendre l'assignatura amb una nota final de zero i sense accés a la recuperació.

Metodologia

La docència combina sessions teòriques i sessions pràctiques. És indispensable dur un ordinador portàtil per poder seguir les classes.

Bibliografia

Bàsica

• Baxevanis, A. D., Francis, B.F. (2005). Bioinformatics: A practical guide to the analysis of genes and proteins (3 ed.). Wiley.
• Model, M. L., Tisdall, J. (2010). Bioinformatics programming using Python: Practical programming for biological data. O'Reilly.
• Mount, D. W. (2001). Bioinformatics: Sequence and genome analysis. Cold Spring Harbour.
• Stevens, T. J. (MRC Laboratory of Molecular Biology), Boucher, W. (University of Cambridge) (2014). Python programming for biology, bioinformatics, and beyond. Cambridge University Press.